ポケモンGOに興味がないといいながら2回目の投稿になります（笑）

妖怪ウォッチでは、周りの人たちの様子がおかしいので妖怪に取り憑かれているのではないかと疑う主人公が妖怪時計（ウォッチ）で周りを照らすと妖怪が潜んでいる様子が見える（ウォッチできる）ので別の妖怪を登場させて戦わせて退治するというストーリーになっています。

ポケモンGOも、日頃人間の目には見えずに別世界で暮らしているキャラクター達の様子がスマホを通すことで見られるようになるということなのであれば結構面白そうですね。
ポケモンのストーリーは全く分からないのであくまで推測ですが。