高校・大学から提供してもらった入試問題の原本を捨ててPDF化して保存していたが、この行為が複製権の侵害にあたるおそれがあるという旺文社独自の判断により、保存していたPDFを全て捨てたそうです。（旺文社ニュースリリースより）

旺文社は高校・大学に対して入試問題を電子書籍やネットを介した通信指導にも利用する旨を明確に伝えていたということなので、PDF化して保存することも実質的に許諾されていたと解釈すればいいような気がします。
原本を捨てていた点をいわゆる「自炊」との関係で問題視したのでしょうか。